Kivisaarel elavad haruldased liigid peavad jääma kaitse alla: Eesti Metsa Abiks on Keskkonnaametiga eriarvamusel Kivisaare liigikaitseala kaitse alt väljaarvamise osas.
Keskkonnaamet soovib hoolimata keskkonnaorganisatsioonide vastuseisule arvata kaitse alt välja Kivisaare liigikaitseala. Kivisaare liigikaitseala kaitse alt väljaarvamise korral võetaks kaitse alt välja 64,8 ha suurune ala ja kaitse alla jääks vaid kaks püsielupaika kogupindalaga 5,3 ha. Eesti Metsa Abiks soovitab esitatud ettepanekutes seni kaitstud ala looduskaitse alla jätta.
Kivisaare liigikaitsealal on registreeritud liike, kes vajavad spetsiaalset majandamise- või kaitsekorda. Kaitset vajavad ka nende potentsiaalsed elupaigad, kuhu liigid võivad tulevikus tagasi tulla, sest hästi korraldatud kaitseala peabki koosnema erinevatest aladest, kus looduslikel protsessidel on võimalus omas tempos areneda.